希望される動作か、わかりませんが、

Firebird徹底入門
https://www.shoeisha.co.jp/book/detail/9784798119632
の目次を見ると、
> 10.2　1台のマシンでのFirebird複数立ち上げ
があるみたいですね。

遅レスです。
私は、Firebird 1.5, 2.1, 3.0 を１台のＰＣ(windows10 pro)にインストールしています。
ポートをそれぞれ、3050, 3051, 3052 に割り当ててます。
記憶なので、あいまいで申し訳ないのですが、まず1.5 を通常にインストールして、
2.1 3.0 は、igy さんの情報にあるFirebird徹底入門にある記事の通り、
instsvc を使ってインストールしたような気がします。

> 例えば　Firebird2.5 を　ポートを変えて　２つインストールできるのでしょうか？
やったことないのでわかりませんが、出来ないような気がします。
２つ目のポートを１つ目のポートにリダイレクト（フォワード？）できれば、動作するのかもしれませんが、意味があるのか不明。
目的を言ってもらえれば、別解があるかもしれません。

同じバージョンのFirebird であれば、アプリ側から接続するＤＢの指定を変えるだけです。
問題があるとすれば、インストール先ＰＣの Firebird の管理者パスワードが分からないことでしょうか。
パスワードを強制的に初期化できたとして、既に動作している他社アプリに問題が出る可能性がありますね。
自分で開発したアプリがスタンドアロンなら、Embeded 版を使うのも手かもしれません。

スタンドアロンではないということは、サーバー機にインストールされている Firebird が話の対象でしょうか？
だとすれば、サーバー機も別の方が管理しているということですか？
クライアントの台数にもよりますが、別のサーバー機を用意する方良いと思います。
問題発生時の責任の切り分けなど、ややこしい話になりませんか？