こんにちは
rel66_win64 に早速アップデートしてみました。

メタデータの表示、直ってないです。
同じエラーが表示されます (^^;)

ファイル日付は 2018/08/02 17:39、バージョンも rel.66 で間違いないです。
「データベースの作成…」メニューから、空のDBを作成しても同じメッセージが出ます。

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IBConsole Unicode Edition (64bit)
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Dynamic SQL Error
SQL error code = -204
Ambiguous field name between table RDB$FIELDS and table
RDB$RELATIONS and table RDB$RELATION_FIELDS
RDB$SYSTEM_FLAG.

[変更点]

• (U) データベースのメタデータを表示しようとするとエラーになる問題を修正

Firebird の方が SQL の曖昧さにシビアになっているようですね。

私の環境 (手持ちの DB) では正しく動作しますね。
この件で何度もリリースしていますが、その度にエラーの出る DB を探して修正しています。

ちなみに修正箇所は IBX の中 (IBX.IBExtract) なので、IBConsole そのもののバグではありません。
この件、ODS バージョンとかに依存するのかもしれませんが、そこまでディープに調査していません。

Firebird のシステムテーブルを解析してメタデータを生成する際、
TBL_A, TBL_B と JOIN されているとして、Version 1 では A にのみ FLD_HOGE というのが存在していれば、

SELECT FLD_HOGE FROM 
  TBL_A A 
  LEFT JOIN TBL_B B ON
   (B.KEY = A.KEY)

　
このような SQL は問題ありません。ところが Version 2 で TBL_B にも FLD_HOGE が定義されたとすると、上記 SQL は Firebird 2.x 以降では曖昧エラーになってしまいます。

SELECT A.FLD_HOGE FROM 
  TBL_A A 
  LEFT JOIN TBL_B B ON
   (B.KEY = A.KEY)

　
このようにキッチリ修飾してあげなくてはなりません。

…が。この修飾が厄介で、普通は定義されているテーブルの並び順 (上位順) に試せば OK なのですが、

TBL_A, TBL_B, TBL_C と JOIN されているとして、
新しいバージョンでは TBL_B と TBL_C に FLD_HOGE が定義されていて、古いバージョンでは TBL_C にのみ FLD_HOGE が定義されている可能性があります。この時 B.FLD_HOGE と記述したとすると、新しいバージョンで確認すると正常ですが、古いバージョンで確認するとエラーになってしまいます。

IBX は Interbase 用に作られており、これらの問題には対処してくれません…恐らく Interbase では正しく動作するのでしょう (わざと曖昧さを利用しているフシがあります)。そして Firebird のすべての ODS バージョンを把握している訳ではないので、どうしても場当たり的な対応になってしまいます。

# IBX.IBExtract は Delphi から使う事はまずないので、
# IBX で Firebird を使う際にこの問題を意識する必要はないハズです。